2011年9月27日，深港产学研基地旗下的深圳市深港产学研科技发展有限公司和深圳市北科投资发展有限公司联合在哈尔滨高新区注册成立了“哈尔滨深港产学研基地有限公司”，注册资本为人民币1000万元，统筹基地的具体运营。公司采用企业化运作方式，实行董事会领导下的总经理负责制。公司董事长刘勇（香港科技大学工商管理硕士），任深港产学研基地主任助理，自1997年以来一直从事高新技术成果产业化方面的工作，直接领导了近10万平方米孵化基地的筹备、规划、建设和管理工作，并参与领导集成电路设计、机电一体化、高分子材料、环境等公共技术服务平台的筹备、规划工作，还指导了若干家高新技术企业的创建，并兼任若干家创业投资公司、孵化器公司、高新技术企业的董事。公司现有专职成员7人，设有综合服务部、创业辅导部、培训部（IT培训中心）。公司现有管理人员全部为大学本科毕业，绝大多数曾专门赴深圳参加孵化器管理方面的专业化培训，且多人有创业经历和管理经验。
在省科技厅的指导下，在市科技局和哈尔滨高新区管委会的关心和支持下，哈尔滨深港产学研基地较好地发挥了深圳本部优势，在孵化空间建设、孵化企业培育、孵化能力建设、创业投资和品牌建设等方面取得了长足的进步，得到了市科技局、哈尔滨高新区管委会等领导部门的高度重视和一致好评，并被认定为哈尔滨省级科技企业孵化器。
